Olá, eu trabalho em uma empresa que force um ERP completo com emissão de NFe, CTe, NFCe, gerenciamento financeiro, emissão de pedidos de venda, etc. há 5 anos, nós utilizamos .NET para o desenvolvimento para windows. Coloquei o valor alto assim por que não foi definido o quão abrangente seriam os módulos de gerenciamento financeiro e o de emissão da nota fiscal, além de para quais plataformas serão necessário o desenvolvimento.
Como vocês são prestatores de serviço também precisaria saber qual a cidade para verificar a possibilidade da emissão das NFSe's.
Estou a disposição para discutirmos melhor este projeto, os pontos necessários para sua empresa assim como o valor do projeto.