Buenas, noches antes de comenzar para realizar este trabajo, es importante delimitar el nivel de seguridad puesto que veo que necesitas tener acceso desde fuera de su red lan, en tal sentido deberíamos evaluar primero si su router actual permite realizar una DMZ, si este o permitiera podría sugerirle alguna configuración sencilla en el mismo a fin de no colocar su información en riesgo, dependiendo del modelo de NAS ya algunos traen algunas características que permitirán tener tanto el acceso como FTP desde una ip publica, asi como también acceso via SSH
La configuración básica seria con una estructuras de carpetas que respeten sus organización funcionalmente de esta manera tendría todo organizado.
Algunas NAS pueden ser integradas a su AD por lo que si esta lo cumple entonces podemos tener hasta aplicación de permisos.
Quedo a su entera disposición, si necesitan aclarar mas cosas.
Un Saludos y todo lo mejor.